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次世代シークエンス解析用ソフトウェア CLC Genomics Workbench

岡山県

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型番:CLC Genomics Workbenc

料金

価格は相談により決定 

※別途、サービス料がかかります。
※サービスには、システム利用および損害賠償保険が含まれます。
※取引条件によって、料金が変わります。

概要 次世代シークエンサーから出力される膨大なデータの解析に対応した統合配列解析ソフトウェアです。 最先端の解析アルゴリズムと高速なゲノムアセンブル・マッピングツール、豊富なグラフィカル機能や多彩な出力オプションを搭載し、ユーザーフレンドリーかつ直感的なインターフェイスで稼働します。
詳細・スペック 【オススメポイント】
リシークエンシング解析:各種変異(SNV, InDel, CNV)の検出を行います。検出した変異には、アミノ酸置換情報や遺伝子名などをアノテーションとして付加することが可能です。
トランスクリプトミクス解析:発現量データを網羅的に取得することができます。取得した発現量データは、専用ツールや無償プラグインを使用することで、サンプル間の発現変動解析やクラスタリングによる統計解析、ヒートマップやベン図作成によるグラフ表示を行うことが可能です。
エピゲノミクス解析:転写因子とゲノム配列上の結合部位を同定します。ピーク領域近傍の遺伝子名をアノテーションとして取得するほか、無償プラグインの使用で、ヒストン修飾やバイサルファイトシークエンスの解析にも対応します。
De novoシークエンシング解析:リード配列を直接つなげていき、コンティグ配列を作成します。作成したコンティグ配列は、原核生物ゲノムのORF予測や、BLASTによる相同性検索などに使用でき、配列決定から遺伝子機能の予測までをサポートします。

【立地】
JR岡山駅東口バスターミナルから「12」「22」「52」「62」「92」系統の岡電バスで10~15分「大学病院入口バス停」下車
JR岡山駅東口バスターミナル「4番乗り場」から「2H」系統の岡電バスで10~15分「大学病院構内バス停」下車
JR岡山駅前(イコットニコット前または高島屋入口)から循環バスで10~15分「大学病院入口」下車
JR岡山駅タクシー乗り場からタクシーで約5~10分
JR岡山駅前から「清輝橋」行き路面電車で12分「清輝橋」下車 西へ徒歩5~10分

【広さ】
実験室約70 ㎡ 実験台1台をお貸しします! 

【利用可能人数】
制限はありませんが、3人以上の場合はご相談ください。

【利用時間帯】
・平日9:00~17:00(左記時間外および土日祝は要相談)

【実験設備】
卓上遠心機、ブロックインキュベーター、ボルテックスミキサー、ピペットマン利用可能。その他、各種設備が利用可能ですのでお問い合わせください。

【その他設備】
・インターネット(無線LAN)完備
・同フロア内に給湯器 / 男女トイレ / 休憩スペースあり
・同施設内に飲食店、スーパー、スターバックス、コンビニエンスストアあり
・大型エレベーター使用可能、搬入・運搬作業も簡単
可能な実験例 ・変異解析
・発現量解析
・エピジェネティクス解析
・新規ゲノム配列解析
用途例 ・正常部と腫瘍部を比較し、腫瘍特異的な変異を同定する。
・分化過程での発現量の違いを比較する
・微生物のゲノム配列を同定する
・転写因子の結合部位を同定する
備考 使用に当たっては「岡山大学病院バイオバンクの機器利用および受託解析について(手引き)」に従って利用してください。(下記に一部抜粋)

・利用時間は原則 月~金(祝日及び年末年始を除く)9:00~17:00までとする。
・機器の初回利用者についてはバイオバンク技術職員のレクチャーを必ず受けること。
・バイオバンク利用申込書に所定の事項を明確に記入して提出すること。
・各機器を利用する場合には、本手引き及びバイオバンク技術職員の指示に従う。
・利用者は実験室の清潔・整頓に留意する。また利用後は必ず備え付けの利用簿に必要事項(利用者、利用時間、利用した消耗品数等)を正確に記入する。
・実験で生じるゴミについては、所定のゴミ箱に廃棄する。
・利用者のサンプルや器具等の原則保管は行わない。解析機器内に保存されているデータ類は原則として半年間保管する。それ以降は随時削除を行う。
・病原性、その他危険のおそれのあるもの及び化学物質を使用する場合は、事前に関係者の了解を得るとともに実験中及び実験終了後の消毒・その他万全の措置を講ずるものとする。
・バイオバンクの機器を利用した研究者は、各々の成果を発表される場合、方法の項に利用機器名、岡山大学病院バイオバンク(Okayama University Hospital Biobank)を明記することとする。また、発表論文2部をバイオバンクへ提出をすること。
・上記に違反した場合、他人に迷惑を及ぼした場合には一定期間の利用を停止する。
キーワード 核酸 ゲノム DNA RNA 次世代シークエンサー 発現量 変異 エピジェネティクス メチル化
分野 腫瘍学 基礎生物学 基礎医学

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