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従来のマイクロアレイ手法と比べ、次世代シーケンサはより高い解像度で転写産物の活動を定量することができます。これにより生物学的なプロセスに応じてわずかに変化する遺伝子発現を捉えることができます。
次世代シーケンサーを使用することで、細胞の機能に応じた転写や転写後の調節を反映しているmRNAなどの検出・定量が可能となる。