対立遺伝子変異（SNPs）の検出、微量発現遺伝子定量、リアルタイムPCRでは検出することが難しい遺伝子の微量な変化などのモニタリングにおいて、従来の解析レベルを飛躍的に向上させる超高感度で絶対的な核酸定量システムです。
・単一ウェルにおける絶対定量を用いた正確なCNV定量
・がんや疾患での希少変異検出
・代謝速度が早い反応経路における微量発現mRNAおよびmiRNAの検出
・臓器移植、土壌および食品におけるウイルス量および病原体検出への応用
糞便、唾液、皮膚などの生態由来検体中の生物群集を解析する手法。検体から直接抽出した混合DNAについて、プライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行う。
細菌の系統学的分類の指標として用いられる16SリボソームRNA遺伝子を利用し、メタゲノム解析を行うことで、細菌叢の構成を明らかにすることが出来る。
皮膚、糞便、唾液のサンプルから解析を行うことが可能である。
細菌叢の解析は、アレルギーなどの疾患との因果関係が指摘されていることから昨今、注目を集める分野の一つである。
PacBio社の機器を用いたシーケンスは、PCR増幅工程が不要で、幅広いゲノム領域で均一なシーケンス結果を得ることが可能。微生物などの新規ゲノム解析やコンティグ配列の整列などの解析に対応可能です。
【おすすめポイント】
PacBioシーケンスとは、圧倒的に長いリードを獲得できる手法です。
最大リード長40kb、平均リード長10kb以上のシーケンスを行うことができるため、細菌の完全長ゲノム配列の作成を可能です。
さらに、ショートリードのデータを組み合わせ完全長ゲノムの構築を目指す方法では解析が困難であったリピート配列、スプライシングバリアントの読み分けに特に有効な技術となります。
Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。
【PacBioシーケンスとは】
PacBio社のシーケンス技術はSMRT(single molecule real-time) sequenceという技術による次世代のシーケンス技術です。これは、長く断片化したnative DNAを鋳型としたDNA合成を、百万単位の小孔内で同時に行うことでデータを取得します。特徴として、長いリード長が得られること、一分子を読むことができること、サンガー法に比類する精度が得られること、GC含量に左右されず均一なカバレッジが得られること、エピジェネティクス情報を解析可能であることなどが挙げられます。
【適応範囲】
適用事例として以下のものがあげられます。
・全長cDNAシークエンシング
ロングリードが得られることを利用し、スプライシングバリアントの異なる発現遺伝子を一気にシークエンスすることで、より細かい遺伝子の分類・識別ができます。
・ロングアプリコンシーケンス
クローニングなしで行うサンガーシーケンスではシス/トランスのSNP情報が損なわれてしまいます。しかし、本手法ならばこの情報を損なうことなく一気に読み切ることができます。
【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。
細胞の品質検査
【提供試験のポイント】
細胞の培養から品質検査、その細胞を用いた臨床試験までをした流れで試験を行うことが可能です。
寄託者から提供された情報に基づいて細胞の品質検査を実施します。主に製品中の生存微生物やマイコプラズマ汚染、グラム陰性菌由来のエンドトキシンを定量・検出することで細胞のコンタミネーションを検査します。
【可能な試験例など】
＜無菌試験＞
・直接法
GMP微生物試験の要件の1つであり、無菌製品に生存微生物が含まれていないことを上市前や患者への投与前に確認するために行われます。
＜マイコプラズマ試験＞
・PCR法
あらかじめ作製されたプライマーを用いて検体のDNA断片の増幅を行い、電気泳動によって増幅されたフラグメントを識別し、検体内のマイコプラズマ汚染を高感度かつ迅速に検出します。
・マイコアラート法
検体内の生存マイコプラズマを溶解させ、酵素とMycoAlert™基質を反応させることでADPからATPへ変換触媒されます。MycoAlert™基質添加前後のサンプル内ATPレベルを測定することにより比率が算出され、この比率により、マイコプラズマの存在の有無が示されます。
＜エンドトキシン試験＞
ライセート試液のゲル化に伴う濁度の変化を測定し、エンドトキシン濃度と反応液があらかじめ設定された濁度に達するのに要した時間又は濁度の経時変化率との間の用量反応関係に基づいて、エンドトキシンを検出・定量する方法です。
食品・飲料・製薬・医療分野の製品中に生存微生物がいないかを調べることができます。
Qubitは結合した場合にのみ発光するターゲット分子に特異的な蛍光色素を使用して、蛍光強度による核酸濃度測定します。 DNA およびRNAは時間が2分間、タンパク質は15分間という短時間のインキュベートで濃度の測定を行えます。 Qubit® 3.0 蛍光光度計では、装置上に最高1,000 ...
組織・細胞・血漿・FFPEなどから精製したDNA, RNA, タンパク質の濃度を測定する
ヒト疾患
遺伝性疾患
細菌やウイルスの動態研究・分類学
がん研究
幹細胞研究
農業・農学研究
エピゲノム
メタゲノム
DNAおよび RNA サンプルの品質管理のための全自動電気泳動ソリューションシステム DNA および RNA のサンプルの品質管理（QC）に適した全自動電気泳動システムであり、装置とデータ解析用ソフトウェア、専用の ScreenTape と試薬を使用することにより、サンプルのサイズ、濃度、分...
・PCR産物の確認
・genome DNA、RNAの分解度の確認
菌、ウイルスを用いた試験（殺菌・不活化効果 評価試験）
★ 機材の殺菌・抗菌効果 確認・評価試験
★ 機材のウイルス不活化効果 確認・評価
※ 試験対象
薬剤等 → スプレー剤、液剤、置き型薬剤など
素材等 → 薬剤加工材、新素材など
家電等 → UV照射機器、空気清浄機など
その他、ご希望の試験がございましたら、まずはお気軽にご相談ください。
10Gb～1Tb、または3億～40億リードの出力が可能であるIllumina社の次世代シーケンスプラットフォームです。Rapidモードと高出力モードの2種類のランモードを搭載しています。研究内容に沿ったスケール対応が可能です。Rapidモードは、装置内でクラスター形成およびシーケンスを全自動で...
