取得データに合わせた解析コードやソフトウェアの開発をサポート。時間のかかる解析業務を外部化することで、研究の工数を大幅に短縮することができます。
①リサーチャー自らエンジニアとタッグを組んで研究を支援。通常のソフトウェアメーカーよりもスムーズなコミュニケーションや現役研究者が担当するからこそ、「かゆいところに手が届く」サポートが可能です。
②脳・神経科学、画像解析を中心とした豊富な解析経験、ソフトウェア開発実績あり
①取得したデータを研究室内で整理したい時に
②解析環境を研究室で統一・記録して残しておきたいしたい時に
③ご自身の解析を世界に発信したい時に（Webアプリとして公開する事が可能です。もちろん、研究室内のみでのご利用も可能です）
【ソフトウェアを作成するからこそできること】
・GUI ワークフロー
コードではなく、視認性が高いGUI、ローコードでの解析設計を開発する事で、研究室に入りたての学生さんも快適に解析ができます。
・Visualize
ワンクリックで簡単に解析結果を可視化。ご要望に応じ多彩なプロットオプションを提供します。
・Record
ワークフローを記録し、再現・共有をしやすくすることで、
「あのとき解析した手法」をもう一度試すしたり、改善しやすくなります。
・Share
Web解析のアプリケーションとし、論文に記載をする事で、ご自身の解析方法を世界に発信/デファクトスタンダードとする第一歩となります。
PacBio社の機器を用いたシーケンスは、PCR増幅工程が不要で、幅広いゲノム領域で均一なシーケンス結果を得ることが可能。微生物などの新規ゲノム解析やコンティグ配列の整列などの解析に対応可能です。
【おすすめポイント】
PacBioシーケンスとは、圧倒的に長いリードを獲得できる手法です。
最大リード長40kb、平均リード長10kb以上のシーケンスを行うことができるため、細菌の完全長ゲノム配列の作成を可能です。
さらに、ショートリードのデータを組み合わせ完全長ゲノムの構築を目指す方法では解析が困難であったリピート配列、スプライシングバリアントの読み分けに特に有効な技術となります。
Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。
【PacBioシーケンスとは】
PacBio社のシーケンス技術はSMRT(single molecule real-time) sequenceという技術による次世代のシーケンス技術です。これは、長く断片化したnative DNAを鋳型としたDNA合成を、百万単位の小孔内で同時に行うことでデータを取得します。特徴として、長いリード長が得られること、一分子を読むことができること、サンガー法に比類する精度が得られること、GC含量に左右されず均一なカバレッジが得られること、エピジェネティクス情報を解析可能であることなどが挙げられます。
【適応範囲】
適用事例として以下のものがあげられます。
・全長cDNAシークエンシング
ロングリードが得られることを利用し、スプライシングバリアントの異なる発現遺伝子を一気にシークエンスすることで、より細かい遺伝子の分類・識別ができます。
・ロングアプリコンシーケンス
クローニングなしで行うサンガーシーケンスではシス/トランスのSNP情報が損なわれてしまいます。しかし、本手法ならばこの情報を損なうことなく一気に読み切ることができます。
【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。
10Gb～1Tb、または3億～40億リードの出力が可能であるIllumina社の次世代シーケンスプラットフォームです。Rapidモードと高出力モードの2種類のランモードを搭載しています。研究内容に沿ったスケール対応が可能です。Rapidモードは、装置内でクラスター形成およびシーケンスを全自動で...
