コラボメーカー提携先の次世代シーケンスを得意とする国立大学様の協力を得た、最新論文における解析手法の再現・バイオインフォマティクス支援等を受けることが出来る。
コラボメーカー提携先の次世代シーケンスを得意とする国立大学様の協力を得て、最新論文における解析手法の再現や バイオインフォマティクス支援などが可能です。
全ゲノムシーケンスは1度のアッセイで検体ゲノムの構造を解析し、あらゆる変異を検出します。検体がヒトならばがんなど様々な病気、そして人類の進化やゲノム薬理学の研究に適用されます。
ランダムに切断された数千万–数億のDNA断片の塩基配列を同時並行的に決定することができる。
これらのデータを統合することで、１度のアッセイで100Gbpを越える配列を高い精度で決定することが出来、ゲノムの大きい生物の全ゲノムのシーケンスを可能としている。
糞便、唾液、皮膚などの生態由来検体中の生物群集を解析する手法。検体から直接抽出した混合DNAについて、プライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行う。
細菌の系統学的分類の指標として用いられる16SリボソームRNA遺伝子を利用し、メタゲノム解析を行うことで、細菌叢の構成を明らかにすることが出来る。
皮膚、糞便、唾液のサンプルから解析を行うことが可能である。
細菌叢の解析は、アレルギーなどの疾患との因果関係が指摘されていることから昨今、注目を集める分野の一つである。
PacBio社の機器を用いたシーケンスは、PCR増幅工程が不要で、幅広いゲノム領域で均一なシーケンス結果を得ることが可能。微生物などの新規ゲノム解析やコンティグ配列の整列などの解析に対応可能です。
【おすすめポイント】
PacBioシーケンスとは、圧倒的に長いリードを獲得できる手法です。
最大リード長40kb、平均リード長10kb以上のシーケンスを行うことができるため、細菌の完全長ゲノム配列の作成を可能です。
さらに、ショートリードのデータを組み合わせ完全長ゲノムの構築を目指す方法では解析が困難であったリピート配列、スプライシングバリアントの読み分けに特に有効な技術となります。
Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。
【PacBioシーケンスとは】
PacBio社のシーケンス技術はSMRT(single molecule real-time) sequenceという技術による次世代のシーケンス技術です。これは、長く断片化したnative DNAを鋳型としたDNA合成を、百万単位の小孔内で同時に行うことでデータを取得します。特徴として、長いリード長が得られること、一分子を読むことができること、サンガー法に比類する精度が得られること、GC含量に左右されず均一なカバレッジが得られること、エピジェネティクス情報を解析可能であることなどが挙げられます。
【適応範囲】
適用事例として以下のものがあげられます。
・全長cDNAシークエンシング
ロングリードが得られることを利用し、スプライシングバリアントの異なる発現遺伝子を一気にシークエンスすることで、より細かい遺伝子の分類・識別ができます。
・ロングアプリコンシーケンス
クローニングなしで行うサンガーシーケンスではシス/トランスのSNP情報が損なわれてしまいます。しかし、本手法ならばこの情報を損なうことなく一気に読み切ることができます。
【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。
MinIONやGridIONを用いてリアルタイム、ロングリード、ダイレクトなDNAシークエンスを行えるだけでなく、PromethIONを用いればより大規模な解析が可能。
【おすすめポイント】
Oxford Nanoporeは、新世代のDNA・RNAシーケンシングテクノロジーを開発しました。ポケットスケールから通常スケールまでで、ネイティブなDNAまたはRNAを解析し、あらゆる長さのフラグメントをシーケンスして短尺から超長尺リードを達成できる、リアルタイム解析（迅速な洞察）を提供する唯一のシーケンス技術です。
Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。
【Nanoporeシーケンスとは】
Nanopore sequenceは、従来の次世代シーケンサーを超える「真の次世代シーケンサー」と呼べる技術です。データ取得までの時間は大幅に早くなり、機会は手のひらサイズに、そしてリード長は長くなりました。
Nanopore sequencerは核酸を一分子ずつ小さな穴(これをNanoporeと呼ぶ)に通し、塩基ごとに生じる微小な電流変化を元にその配列を解読する技術です。従来の次世代シーケンサーとはことなり、核酸を増幅・伸張することなく解読することができます。リード長には機器の性質上の限界は理論上存在せず、実際MimIONを用いた場合で、993kbpのリードが得られたことが報告されています。リードが少ない場合や、ゲノムが複雑でアセンブリが困難な場合などに特に力を発揮する技術です。
【シーケンス適応範囲】
Nanopore sequencerではDNAを対象とした全ゲノムライブラリー調整によって、de novoアセンブリー、フェージング解析、メチルか解析、構造変異解析などを行うことができます。さらに、RNAを対象とした場合には、完全長のRNA配列を得られることから、発現量解析によるRNA-seqだけでなく、スプライシングバイリアント解析や、融合遺伝子解析などを行うことも可能です。また、RNAをcDNAに変換することなくdirect RNA-seqを行うことも可能です。
【Oxford Nanopore MinION】
最も軽量でコンパクトなシーケンサー。大きさは手のひらサイズで持ち運びが可能である。得られたリードはリアルタイムで解析をすることができる。
【Oxford Nanopore GridION】
MinIONと同様のセルを最大で5セル搭載した並列型のシーケンサー。1セルあたりのスループットは約5~20Gb。
【Oxford Nanopore PromethION】
PromethION専用のセルを最大で48セル搭載し、ハイスループットな実験を可能にしたシーケンサー。1セルあたりのスループットは30~120Gb。最大1Mbまでの超ロングリードが可能（サンプルの品質に依存する）。サンプル量は10pg~1µg程度で解析可能。
【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。
半導体マイクロチップでシーケンス反応と検出を行います。ヒトゲノム、ヒトエクソーム、ホールトランスプリプトーム、RNA-SEQ、ChIP-SEQに対応可能です。
ヒトスケールゲノムシーケンス
エクソームシーケンス
トランスクリプトームシーケンス
コピー数解析
ChIPシーケンシング
ターゲットRNAシーケンス
癌研究
遺伝性疾患
農業・農学研究
幹細胞
エピジェネティクス
半導体マイクロチップでシーケンス反応と検出を行います。ホールゲノム、アンプリコンシーケンス / ターゲットリシーケンス、RNA-SEQ / ChIP-SEQ に対応可能です。
ターゲットDNAシーケンス
ターゲットRNAシーケンス
small RNAシーケンス
コピー数解析
微生物ゲノムシーケンス
de novo
ChIPシーケンス
SNP解析
ヒト疾患
遺伝性疾患
細菌やウイルスの動態研究・分類学
がん研究
幹細胞研究
農業・農学研究
エピゲノム
メタゲノム
科学捜査
古代DNAゲノミクス
全自動DNA断片抽出装置BluePippinを用いて、ご希望のサイズのDNAを抽出します。 物理的に独立したレーンで泳動を行うため、コンタミネーションを避けられます。各レーン毎に抽出方法とサイズが個別に設定できる。目的分画サンプルを精度高く回収でき、再現性の高い自動抽出を可能にします。煩雑な...
・ペアエンドシーケンスライブラリー作製
・ChIP-Seqライブラリー作製
・miRNA-Seqライブラリー作製
・メイトペアシーケンスライブラリー作製
・NGSライブラリ作製におけるサイズセレクション
・高分子gDNAの選別
超音波により核酸を断片化します。それに加えて、培養細胞、酵母などを破砕し、タンパク質の抽出などにも利用できます。 本機器では500kHz程の超音波を一極に集中させることで、再現性の高い超音波処理を実現します。これによって抽出・解析試料の変性や失活等の原因となる温度上昇を抑えながら作業を行...
DNA、RNAシーケンス等の前処理 DNA(RNA) Shearing / 断片化、ChIP Assay, Chromatin DNAの断片化、FFPEからの試料抽出、細胞破砕、核酸/タンパク質/代謝物抽出、核酸精製、たんぱく質抽出、NGSライブラリ作製
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メタゲノム
10Gb～1Tb、または3億～40億リードの出力が可能であるIllumina社の次世代シーケンスプラットフォームです。Rapidモードと高出力モードの2種類のランモードを搭載しています。研究内容に沿ったスケール対応が可能です。Rapidモードは、装置内でクラスター形成およびシーケンスを全自動で...
