検索結果：委託カテゴリ「分子」（37件）

【おすすめポイント】
PacBioシーケンスとは、圧倒的に長いリードを獲得できる手法です。
最大リード長40kb、平均リード長10kb以上のシーケンスを行うことができるため、細菌の完全長ゲノム配列の作成を可能です。
さらに、ショートリードのデータを組み合わせ完全長ゲノムの構築を目指す方法では解析が困難であったリピート配列、スプライシングバリアントの読み分けに特に有効な技術となります。

Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。

【PacBioシーケンスとは】
PacBio社のシーケンス技術はSMRT(single molecule real-time) sequenceという技術による次世代のシーケンス技術です。これは、長く断片化したnative DNAを鋳型としたDNA合成を、百万単位の小孔内で同時に行うことでデータを取得します。特徴として、長いリード長が得られること、一分子を読むことができること、サンガー法に比類する精度が得られること、GC含量に左右されず均一なカバレッジが得られること、エピジェネティクス情報を解析可能であることなどが挙げられます。

【適応範囲】
適用事例として以下のものがあげられます。

・全長cDNAシークエンシング
ロングリードが得られることを利用し、スプライシングバリアントの異なる発現遺伝子を一気にシークエンスすることで、より細かい遺伝子の分類・識別ができます。

・ロングアプリコンシーケンス
クローニングなしで行うサンガーシーケンスではシス/トランスのSNP情報が損なわれてしまいます。しかし、本手法ならばこの情報を損なうことなく一気に読み切ることができます。

【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。

【おすすめポイント】
Oxford Nanoporeは、新世代のDNA・RNAシーケンシングテクノロジーを開発しました。ポケットスケールから通常スケールまでで、ネイティブなDNAまたはRNAを解析し、あらゆる長さのフラグメントをシーケンスして短尺から超長尺リードを達成できる、リアルタイム解析（迅速な洞察）を提供する唯一のシーケンス技術です。

Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。

【Nanoporeシーケンスとは】
Nanopore sequenceは、従来の次世代シーケンサーを超える「真の次世代シーケンサー」と呼べる技術です。データ取得までの時間は大幅に早くなり、機会は手のひらサイズに、そしてリード長は長くなりました。

Nanopore sequencerは核酸を一分子ずつ小さな穴(これをNanoporeと呼ぶ)に通し、塩基ごとに生じる微小な電流変化を元にその配列を解読する技術です。従来の次世代シーケンサーとはことなり、核酸を増幅・伸張することなく解読することができます。リード長には機器の性質上の限界は理論上存在せず、実際MimIONを用いた場合で、993kbpのリードが得られたことが報告されています。リードが少ない場合や、ゲノムが複雑でアセンブリが困難な場合などに特に力を発揮する技術です。

【シーケンス適応範囲】
Nanopore sequencerではDNAを対象とした全ゲノムライブラリー調整によって、de novoアセンブリー、フェージング解析、メチルか解析、構造変異解析などを行うことができます。さらに、RNAを対象とした場合には、完全長のRNA配列を得られることから、発現量解析によるRNA-seqだけでなく、スプライシングバイリアント解析や、融合遺伝子解析などを行うことも可能です。また、RNAをcDNAに変換することなくdirect RNA-seqを行うことも可能です。

【Oxford Nanopore MinION】
最も軽量でコンパクトなシーケンサー。大きさは手のひらサイズで持ち運びが可能である。得られたリードはリアルタイムで解析をすることができる。

【Oxford Nanopore GridION】
MinIONと同様のセルを最大で5セル搭載した並列型のシーケンサー。1セルあたりのスループットは約5~20Gb。

【Oxford Nanopore PromethION】
PromethION専用のセルを最大で48セル搭載し、ハイスループットな実験を可能にしたシーケンサー。1セルあたりのスループットは30~120Gb。最大1Mbまでの超ロングリードが可能（サンプルの品質に依存する）。サンプル量は10pg~1µg程度で解析可能。

【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。

【提供試験のポイント】
無血清培地使用、多様な細胞種類の提供、ヒトへの投与など、ご希望に合わせた試験内容をご提案致します。

独自のネットワークにより、基礎研究だけでなく大学やクリニックと連携した臨床試験を実現します。

創薬開発において、ターゲットバリデーション、リード化合物の最適化から安全性試験に至るさまざまな試験が必要とされています。生化学・分子生物学的な解析をはじめさまざまな疾患領域におけるin vivo及びin vitro薬効薬理試験などの試験全般を実施しています。
また、薬物動態試験や病理組織学的検査も実施可能です。

【可能な試験例など】
・細胞増殖抑制/促進作用の評価
・受容体発現細胞を用いたファンクショナルアッセイ
（細胞内cAMP／cGMP／Ca2+アッセイ等、アッセイ系の開発と被験物質の評価）
・受容体発現細胞・膜画分を用いたRI標識リガンド結合アッセイ、アッセイ系の開発と被験物質の評価
・RANKL誘導破骨細胞（分化アッセイ）
・フローサイトメトリーによる各種細胞アッセイ
・肝細胞株及びヒト初代肝細胞を用いた各種アッセイ

創薬開発のための被験物質添加試験、スクリーニング試験、安全性試験が可能です。

その他、疾患領域におけるin vivo及びin vitro薬効薬理試験などの各種試験全般を実施しています。
病態モデルについては新旧を問わず、中枢、疼痛、感染症、循環器系、呼吸器系、腎泌尿器系、免疫系、血液系、炎症、アレルギー、消化器系、皮膚、糖・脂質代謝系、がん、および in vitro薬効試験等、幅広い分野の試験を受託しています。

また、動物、遺伝子改変動物およびミュータント動物を用いた試験も可能です。

・ペアエンドシーケンスライブラリー作製
・ChIP-Seqライブラリー作製
・miRNA-Seqライブラリー作製
・メイトペアシーケンスライブラリー作製

・NGSライブラリ作製におけるサイズセレクション
・高分子gDNAの選別

・血漿中のサイトカインを測定し、バイオマーカーを探索
・細胞抽出液中の、タンパク質のリン酸化を測定

組織・細胞・血漿・FFPEなどから精製したDNA, RNA, タンパク質の濃度を測定する

ヒト疾患
遺伝性疾患
細菌やウイルスの動態研究・分類学
がん研究
幹細胞研究
農業・農学研究
エピゲノム
メタゲノム

疾患モデルとして病態解析や創薬研究ツールとして利用できます

 患者由来または、ゲノム編集によるモデル細胞を用いた疾患メカニズムの解析

 モデル細胞を用いた創薬スクリーニング

 心毒性評価