全ゲノムシーケンスは1度のアッセイで検体ゲノムの構造を解析し、あらゆる変異を検出します。検体がヒトならばがんなど様々な病気、そして人類の進化やゲノム薬理学の研究に適用されます。
ランダムに切断された数千万–数億のDNA断片の塩基配列を同時並行的に決定することができる。
これらのデータを統合することで、１度のアッセイで100Gbpを越える配列を高い精度で決定することが出来、ゲノムの大きい生物の全ゲノムのシーケンスを可能としている。
定量PCR法によるサンプル中のRNA（mRNA、miRNA等）又はゲノムDNAの発現を解析します。
試験方法の要望対応可能
試験計画の立案可能
DNAサンプル
RNAサンプル
糞便、唾液、皮膚などの生態由来検体中の生物群集を解析する手法。検体から直接抽出した混合DNAについて、プライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行う。
細菌の系統学的分類の指標として用いられる16SリボソームRNA遺伝子を利用し、メタゲノム解析を行うことで、細菌叢の構成を明らかにすることが出来る。
皮膚、糞便、唾液のサンプルから解析を行うことが可能である。
細菌叢の解析は、アレルギーなどの疾患との因果関係が指摘されていることから昨今、注目を集める分野の一つである。
PacBio社の機器を用いたシーケンスは、PCR増幅工程が不要で、幅広いゲノム領域で均一なシーケンス結果を得ることが可能。微生物などの新規ゲノム解析やコンティグ配列の整列などの解析に対応可能です。
【おすすめポイント】
PacBioシーケンスとは、圧倒的に長いリードを獲得できる手法です。
最大リード長40kb、平均リード長10kb以上のシーケンスを行うことができるため、細菌の完全長ゲノム配列の作成を可能です。
さらに、ショートリードのデータを組み合わせ完全長ゲノムの構築を目指す方法では解析が困難であったリピート配列、スプライシングバリアントの読み分けに特に有効な技術となります。
Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。
【PacBioシーケンスとは】
PacBio社のシーケンス技術はSMRT(single molecule real-time) sequenceという技術による次世代のシーケンス技術です。これは、長く断片化したnative DNAを鋳型としたDNA合成を、百万単位の小孔内で同時に行うことでデータを取得します。特徴として、長いリード長が得られること、一分子を読むことができること、サンガー法に比類する精度が得られること、GC含量に左右されず均一なカバレッジが得られること、エピジェネティクス情報を解析可能であることなどが挙げられます。
【適応範囲】
適用事例として以下のものがあげられます。
・全長cDNAシークエンシング
ロングリードが得られることを利用し、スプライシングバリアントの異なる発現遺伝子を一気にシークエンスすることで、より細かい遺伝子の分類・識別ができます。
・ロングアプリコンシーケンス
クローニングなしで行うサンガーシーケンスではシス/トランスのSNP情報が損なわれてしまいます。しかし、本手法ならばこの情報を損なうことなく一気に読み切ることができます。
【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。
MinIONやGridIONを用いてリアルタイム、ロングリード、ダイレクトなDNAシークエンスを行えるだけでなく、PromethIONを用いればより大規模な解析が可能。
【おすすめポイント】
Oxford Nanoporeは、新世代のDNA・RNAシーケンシングテクノロジーを開発しました。ポケットスケールから通常スケールまでで、ネイティブなDNAまたはRNAを解析し、あらゆる長さのフラグメントをシーケンスして短尺から超長尺リードを達成できる、リアルタイム解析（迅速な洞察）を提供する唯一のシーケンス技術です。
Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。
【Nanoporeシーケンスとは】
Nanopore sequenceは、従来の次世代シーケンサーを超える「真の次世代シーケンサー」と呼べる技術です。データ取得までの時間は大幅に早くなり、機会は手のひらサイズに、そしてリード長は長くなりました。
Nanopore sequencerは核酸を一分子ずつ小さな穴(これをNanoporeと呼ぶ)に通し、塩基ごとに生じる微小な電流変化を元にその配列を解読する技術です。従来の次世代シーケンサーとはことなり、核酸を増幅・伸張することなく解読することができます。リード長には機器の性質上の限界は理論上存在せず、実際MimIONを用いた場合で、993kbpのリードが得られたことが報告されています。リードが少ない場合や、ゲノムが複雑でアセンブリが困難な場合などに特に力を発揮する技術です。
【シーケンス適応範囲】
Nanopore sequencerではDNAを対象とした全ゲノムライブラリー調整によって、de novoアセンブリー、フェージング解析、メチルか解析、構造変異解析などを行うことができます。さらに、RNAを対象とした場合には、完全長のRNA配列を得られることから、発現量解析によるRNA-seqだけでなく、スプライシングバイリアント解析や、融合遺伝子解析などを行うことも可能です。また、RNAをcDNAに変換することなくdirect RNA-seqを行うことも可能です。
【Oxford Nanopore MinION】
最も軽量でコンパクトなシーケンサー。大きさは手のひらサイズで持ち運びが可能である。得られたリードはリアルタイムで解析をすることができる。
【Oxford Nanopore GridION】
MinIONと同様のセルを最大で5セル搭載した並列型のシーケンサー。1セルあたりのスループットは約5~20Gb。
【Oxford Nanopore PromethION】
PromethION専用のセルを最大で48セル搭載し、ハイスループットな実験を可能にしたシーケンサー。1セルあたりのスループットは30~120Gb。最大1Mbまでの超ロングリードが可能（サンプルの品質に依存する）。サンプル量は10pg~1µg程度で解析可能。
【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。
微生物（細菌、酵母、カビなど）の分離・培養
【こんなことが出来ます】
農産物や発酵食品、植物、土壌、水などから有用な乳酸菌や酵母、カビなどを分離・培養致します。
新たな食品・地域特産品の開発に向けて、地域資源（植物や環境など）や発酵食品から有用な乳酸菌や酵母を探してみませんか？
＊特産品開発には補助金が出ている場合がございますのでご確認ください。
（実験例）
・植物からの微生物の単離・培養
・環境（土壌、水）からの微生物の単離・培養
・ぬか床からの微生物の単離・培養
・酒からの酵母の単離・培養
・発酵食品（漬物、キムチなど）からの乳酸菌の分離・培養
分離した微生物のゲノム解析も実施可能です。
☆コラボメーカーのメリット☆
・製品開発に伴う外注業務をまるっとサポート
・抗菌・抗ウイルス試験・安全性試験・有効性試験などもまとめて受託可能
腸内細菌解析・動物実験・食品開発
【試験先の特徴】
細菌研究のエキスパートがヘルスケア研究や食品開発をサポート！
【こんなことができます！】
☆腸内細菌の解析
☆ゲノム解析
☆健康を軸に置いた食品
・自社製品の有効性を検証
・腸内細菌だけでなく、土壌細菌なども解析可能
・菌のスクリーニング
・論文調査
・動物実験
・食品開発
（実験例）
【製品の有効性を示すエビデンスが欲しい】
・通常マウスに有効成分を摂取させ、腸内細菌を解析、摂取による変化の結果を確認してエビデンスを得たい。
【新製品を開発したい】
・商品化に使用する、オリジナルの菌を分離して、培養をする
・健康をキーワードにした商品を開発する。
・製品に入れる成分の効果を動物を使って確かめたい。
【研究・開発で実験を行いたい】
・特定の疾患の研究をしており、腸内細菌のデータを取得したい。
・疾病モデルのマウスに有効成分を摂取させた時の変化を見たい。
☆コラボメーカーを通すメリット☆
・製品開発に伴う外注業務をまるっとサポート
・抗菌・抗ウイルス試験・安全性試験・有効性試験などもまとめて受託可能
・補助金申請等のご支援もさせていただきます！
特定保健用食品、機能性表示食品、栄養機能食品、サプリメント
超音波により核酸を断片化します。それに加えて、培養細胞、酵母などを破砕し、タンパク質の抽出などにも利用できます。 本機器では500kHz程の超音波を一極に集中させることで、再現性の高い超音波処理を実現します。これによって抽出・解析試料の変性や失活等の原因となる温度上昇を抑えながら作業を行...
DNA、RNAシーケンス等の前処理 DNA(RNA) Shearing / 断片化、ChIP Assay, Chromatin DNAの断片化、FFPEからの試料抽出、細胞破砕、核酸/タンパク質/代謝物抽出、核酸精製、たんぱく質抽出、NGSライブラリ作製
ヒト疾患
遺伝性疾患
細菌やウイルスの動態研究・分類学
がん研究
幹細胞研究
農業・農学研究
エピゲノム
メタゲノム
