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超高解像度光学イメージング
例）3次元培養したラット初代肝細胞の細胞集団を確認した。
電子イメージング
例）ラット大脳皮質初代細胞のを3次元培養したスフェロイド（細胞凝集体）を観察。更に3D-SIM超解像度イメージングシステムによる解析結果と合わせることにより、スフェロイドの実際の3次元構造を確認。
安定同位体イメージング
・鉱物、材料、半導体、生体など 例）安定同位体標識した培養細胞の観察 - 18O同位体で標識したRNAが、培養した細胞内に取り込まれた様子を同位体比イメージング。
