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本装置は、液体クロマトグラフ質量分析計（LC/MS）であり、中極性～高極性の溶媒に溶けやすい試料について、HPLC（High Performance Liquid Chromatography）によって成分の分離を行い、同時にその成分の質量（≒分子量）を測定することができます。このような成分同定を目的とした定性分析の他に、適切な標準試料があれば定量分析も可能です。
本装置は、TOF（Time Of Fright）型質量分離部を備えるため、高分解能測定（分解能（FWHM）約15,000）による精密質量から、分子式の同定をすることができます。また、前段にLIT（Linear Ion Trap）を備えるタンデム型のため、MS/MS測定モードで測定することもできます。これにより、定性分析ではMS/MSによるフラグメントイオンの解析により構造情報が得られます。

イオン化法は、ESI（エレクトロスプレーイオン化）と、APCI（大気圧化学イオン化）があります。ESIは中～高極性、APCIは中極性の試料に用いられることが多いです。そのため、ヒドロキシ基、カルボキシ基などのプロトン性官能基を持つ化合物や、イオン性試料は測定しやすいです。極性の低い脂肪族化合物や芳香族化合物は、測定できないこともあります。

有機化合物の定性・定量、混合物の成分分析

・液体クロマトグラフ装置が付属していることから、混合物である溶液を分離して、試料の成分分析をすることができます。極性が高めの試料の方が測定しやすく、極性が低い（脂溶性が高い）試料は測定しにくいです。
・分解能（FWHM）15000程度の高分解能型であるため、小数点以下の精密質量測定により、分子式の絞り込みと推定ができます。
・本装置はMS/MSが使用できるため、生成した断片から分子構造を推定することもできます。また、ニュートラルロス（neutral loss）の解析から、中性種の断片を調べることができます。

・薬物動態解析など
例）リン脂質の分布を観察 - ヒト乳がん組織において、フォスファチジルコリン（PC）(32:1)がガン部（赤）に、PC(36:0)が非ガン部（黄）に豊富であることを見出。
例）マトリクスとして銀ナノ粒子を用いることで、断片化した脂肪酸（様々な脂質分子から分離した脂肪酸+遊離脂肪酸の総量）の分布を可視化。

〇異物の同定

既知物質の赤外吸収スペクトルと比較することで、異物の同定ができます。

〇有機物の構造解析

赤外吸収スペクトルから、結合度や官能基の有無、シス-トランス異性などの構造を調べることができます。

〇品質管理

基準となる赤外吸収スペクトルと比較することで、測定対象の品質が要求仕様を満たしているかを調べることができます。

〇トランス脂肪酸含有量の測定

全反射法を用いることで、食品に含まれるトランス脂肪酸の含有量を調べることができます。

※組織により上記実験ができない場合がございます。