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DNA、RNAシーケンス等の前処理　DNA(RNA) Shearing / 断片化、ChIP Assay, Chromatin DNAの断片化、FFPEからの試料抽出、細胞破砕、核酸/タンパク質/代謝物抽出、核酸精製、たんぱく質抽出、NGSライブラリ作製

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【おすすめポイント】
PacBioシーケンスとは、圧倒的に長いリードを獲得できる手法です。
最大リード長40kb、平均リード長10kb以上のシーケンスを行うことができるため、細菌の完全長ゲノム配列の作成を可能です。
さらに、ショートリードのデータを組み合わせ完全長ゲノムの構築を目指す方法では解析が困難であったリピート配列、スプライシングバリアントの読み分けに特に有効な技術となります。

Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。

【PacBioシーケンスとは】
PacBio社のシーケンス技術はSMRT(single molecule real-time) sequenceという技術による次世代のシーケンス技術です。これは、長く断片化したnative DNAを鋳型としたDNA合成を、百万単位の小孔内で同時に行うことでデータを取得します。特徴として、長いリード長が得られること、一分子を読むことができること、サンガー法に比類する精度が得られること、GC含量に左右されず均一なカバレッジが得られること、エピジェネティクス情報を解析可能であることなどが挙げられます。

【適応範囲】
適用事例として以下のものがあげられます。

・全長cDNAシークエンシング
ロングリードが得られることを利用し、スプライシングバリアントの異なる発現遺伝子を一気にシークエンスすることで、より細かい遺伝子の分類・識別ができます。

・ロングアプリコンシーケンス
クローニングなしで行うサンガーシーケンスではシス/トランスのSNP情報が損なわれてしまいます。しかし、本手法ならばこの情報を損なうことなく一気に読み切ることができます。

【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。

・薬物動態解析など
例）リン脂質の分布を観察 - ヒト乳がん組織において、フォスファチジルコリン（PC）(32:1)がガン部（赤）に、PC(36:0)が非ガン部（黄）に豊富であることを見出。
例）マトリクスとして銀ナノ粒子を用いることで、断片化した脂肪酸（様々な脂質分子から分離した脂肪酸+遊離脂肪酸の総量）の分布を可視化。