糞便、唾液、皮膚などの生態由来検体中の生物群集を解析する手法。検体から直接抽出した混合DNAについて、プライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行う。
細菌の系統学的分類の指標として用いられる16SリボソームRNA遺伝子を利用し、メタゲノム解析を行うことで、細菌叢の構成を明らかにすることが出来る。
皮膚、糞便、唾液のサンプルから解析を行うことが可能である。
細菌叢の解析は、アレルギーなどの疾患との因果関係が指摘されていることから昨今、注目を集める分野の一つである。
PacBio社の機器を用いたシーケンスは、PCR増幅工程が不要で、幅広いゲノム領域で均一なシーケンス結果を得ることが可能。微生物などの新規ゲノム解析やコンティグ配列の整列などの解析に対応可能です。
【おすすめポイント】
PacBioシーケンスとは、圧倒的に長いリードを獲得できる手法です。
最大リード長40kb、平均リード長10kb以上のシーケンスを行うことができるため、細菌の完全長ゲノム配列の作成を可能です。
さらに、ショートリードのデータを組み合わせ完全長ゲノムの構築を目指す方法では解析が困難であったリピート配列、スプライシングバリアントの読み分けに特に有効な技術となります。
Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。
【PacBioシーケンスとは】
PacBio社のシーケンス技術はSMRT(single molecule real-time) sequenceという技術による次世代のシーケンス技術です。これは、長く断片化したnative DNAを鋳型としたDNA合成を、百万単位の小孔内で同時に行うことでデータを取得します。特徴として、長いリード長が得られること、一分子を読むことができること、サンガー法に比類する精度が得られること、GC含量に左右されず均一なカバレッジが得られること、エピジェネティクス情報を解析可能であることなどが挙げられます。
【適応範囲】
適用事例として以下のものがあげられます。
・全長cDNAシークエンシング
ロングリードが得られることを利用し、スプライシングバリアントの異なる発現遺伝子を一気にシークエンスすることで、より細かい遺伝子の分類・識別ができます。
・ロングアプリコンシーケンス
クローニングなしで行うサンガーシーケンスではシス/トランスのSNP情報が損なわれてしまいます。しかし、本手法ならばこの情報を損なうことなく一気に読み切ることができます。
【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。
岡山県
超音波により核酸を断片化します。それに加えて、培養細胞、酵母などを破砕し、タンパク質の抽出などにも利用できます。 本機器では500kHz程の超音波を一極に集中させることで、再現性の高い超音波処理を実現します。これによって抽出・解析試料の変性や失活等の原因となる温度上昇を抑えながら作業を行...
岡山県
Qubitは結合した場合にのみ発光するターゲット分子に特異的な蛍光色素を使用して、蛍光強度による核酸濃度測定します。 DNA およびRNAは時間が2分間、タンパク質は15分間という短時間のインキュベートで濃度の測定を行えます。 Qubit® 3.0 蛍光光度計では、装置上に最高1,000 ...
埼玉県
細胞培養、DNA、RNA、タンパク質、微生物、動物などを用いた様々な実験が可能です。 長期間（１ヶ月〜）にて使用いただけます！
【細胞培養実験】
細胞毒性試験
美白試験
保湿・バリア試験
皮脂合成試験
抗老化試験
紫外線感受性試験
育毛試験
細胞生存
細胞増殖
細胞遊走
酵素活性
遺伝子・物質発現（mRNA、タンパク質、脂質等）
【タンパク質実験】
タンパク質合成（大腸菌、酵母、昆虫細胞 (バキュロウイルス発現系)、哺乳類細胞 (293細胞系、CHO細胞系など)、コムギセルフリー系）
スクリーニング
【DNA・RNA実験】
遺伝子改変動物作製
環境DNA分析「特定種の在不在検定（特定種の生息判定）」
遺伝子配列解析（種同定、種判定）
エビ・甲殻類病原体の遺伝子判定試験
DNA抽出
アガロース電気泳動
PCR
フラグメント解析
愛知県
細胞培養、DNA、RNA、タンパク質、微生物、動物などを用いた様々な実験が可能です。
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細胞毒性試験
美白試験
保湿・バリア試験
皮脂合成試験
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育毛試験
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タンパク質合成（大腸菌、酵母、昆虫細胞 (バキュロウイルス発現系)、哺乳類細胞 (293細胞系、CHO細胞系など)、コムギセルフリー系）
スクリーニング
【DNA・RNA実験】
遺伝子改変動物作製
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遺伝子配列解析（種同定、種判定）
エビ・甲殻類病原体の遺伝子判定試験
DNA抽出
アガロース電気泳動
PCR
フラグメント解析
大阪府
細胞培養、DNA、RNA、タンパク質、微生物、動物などを用いた様々な実験が可能です。
【細胞培養実験】
細胞毒性試験
美白試験
保湿・バリア試験
皮脂合成試験
抗老化試験
紫外線感受性試験
育毛試験
細胞生存
細胞増殖
細胞遊走
酵素活性
遺伝子・物質発現（mRNA、タンパク質、脂質等）
【タンパク質実験】
タンパク質合成（大腸菌、酵母、昆虫細胞 (バキュロウイルス発現系)、哺乳類細胞 (293細胞系、CHO細胞系など)、コムギセルフリー系）
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環境DNA分析「特定種の在不在検定（特定種の生息判定）」
遺伝子配列解析（種同定、種判定）
エビ・甲殻類病原体の遺伝子判定試験
DNA抽出
アガロース電気泳動
PCR
フラグメント解析
