糞便、唾液、皮膚などの生態由来検体中の生物群集を解析する手法。検体から直接抽出した混合DNAについて、プライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行う。
細菌の系統学的分類の指標として用いられる16SリボソームRNA遺伝子を利用し、メタゲノム解析を行うことで、細菌叢の構成を明らかにすることが出来る。
皮膚、糞便、唾液のサンプルから解析を行うことが可能である。
細菌叢の解析は、アレルギーなどの疾患との因果関係が指摘されていることから昨今、注目を集める分野の一つである。
PacBio社の機器を用いたシーケンスは、PCR増幅工程が不要で、幅広いゲノム領域で均一なシーケンス結果を得ることが可能。微生物などの新規ゲノム解析やコンティグ配列の整列などの解析に対応可能です。
【おすすめポイント】
PacBioシーケンスとは、圧倒的に長いリードを獲得できる手法です。
最大リード長40kb、平均リード長10kb以上のシーケンスを行うことができるため、細菌の完全長ゲノム配列の作成を可能です。
さらに、ショートリードのデータを組み合わせ完全長ゲノムの構築を目指す方法では解析が困難であったリピート配列、スプライシングバリアントの読み分けに特に有効な技術となります。
Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。
【PacBioシーケンスとは】
PacBio社のシーケンス技術はSMRT(single molecule real-time) sequenceという技術による次世代のシーケンス技術です。これは、長く断片化したnative DNAを鋳型としたDNA合成を、百万単位の小孔内で同時に行うことでデータを取得します。特徴として、長いリード長が得られること、一分子を読むことができること、サンガー法に比類する精度が得られること、GC含量に左右されず均一なカバレッジが得られること、エピジェネティクス情報を解析可能であることなどが挙げられます。
【適応範囲】
適用事例として以下のものがあげられます。
・全長cDNAシークエンシング
ロングリードが得られることを利用し、スプライシングバリアントの異なる発現遺伝子を一気にシークエンスすることで、より細かい遺伝子の分類・識別ができます。
・ロングアプリコンシーケンス
クローニングなしで行うサンガーシーケンスではシス/トランスのSNP情報が損なわれてしまいます。しかし、本手法ならばこの情報を損なうことなく一気に読み切ることができます。
【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。
MinIONやGridIONを用いてリアルタイム、ロングリード、ダイレクトなDNAシークエンスを行えるだけでなく、PromethIONを用いればより大規模な解析が可能。
【おすすめポイント】
Oxford Nanoporeは、新世代のDNA・RNAシーケンシングテクノロジーを開発しました。ポケットスケールから通常スケールまでで、ネイティブなDNAまたはRNAを解析し、あらゆる長さのフラグメントをシーケンスして短尺から超長尺リードを達成できる、リアルタイム解析（迅速な洞察）を提供する唯一のシーケンス技術です。
Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。
【Nanoporeシーケンスとは】
Nanopore sequenceは、従来の次世代シーケンサーを超える「真の次世代シーケンサー」と呼べる技術です。データ取得までの時間は大幅に早くなり、機会は手のひらサイズに、そしてリード長は長くなりました。
Nanopore sequencerは核酸を一分子ずつ小さな穴(これをNanoporeと呼ぶ)に通し、塩基ごとに生じる微小な電流変化を元にその配列を解読する技術です。従来の次世代シーケンサーとはことなり、核酸を増幅・伸張することなく解読することができます。リード長には機器の性質上の限界は理論上存在せず、実際MimIONを用いた場合で、993kbpのリードが得られたことが報告されています。リードが少ない場合や、ゲノムが複雑でアセンブリが困難な場合などに特に力を発揮する技術です。
【シーケンス適応範囲】
Nanopore sequencerではDNAを対象とした全ゲノムライブラリー調整によって、de novoアセンブリー、フェージング解析、メチルか解析、構造変異解析などを行うことができます。さらに、RNAを対象とした場合には、完全長のRNA配列を得られることから、発現量解析によるRNA-seqだけでなく、スプライシングバイリアント解析や、融合遺伝子解析などを行うことも可能です。また、RNAをcDNAに変換することなくdirect RNA-seqを行うことも可能です。
【Oxford Nanopore MinION】
最も軽量でコンパクトなシーケンサー。大きさは手のひらサイズで持ち運びが可能である。得られたリードはリアルタイムで解析をすることができる。
【Oxford Nanopore GridION】
MinIONと同様のセルを最大で5セル搭載した並列型のシーケンサー。1セルあたりのスループットは約5~20Gb。
【Oxford Nanopore PromethION】
PromethION専用のセルを最大で48セル搭載し、ハイスループットな実験を可能にしたシーケンサー。1セルあたりのスループットは30~120Gb。最大1Mbまでの超ロングリードが可能（サンプルの品質に依存する）。サンプル量は10pg~1µg程度で解析可能。
【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。
遺伝子に影響を与える変異原性物質を予測する試験。迅速、安価、かつ比較的容易に実施できます。
☆コラボメーカーを通すメリット☆
・製品開発に伴う外注業務をまるっとサポート
・抗菌・抗ウイルス試験・安全性試験・有効性試験などもまとめて受託可能
【安全性試験委託サービスのポイント】
☆お客様のお困りごとをヒアリング、目的に合わせて試験内容をご提案
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詳細は製品開発担当者様向け【安全性試験 委託サービス】もご覧ください。
【用途例】
☆化学物質の遺伝毒性やがん原性の予測
☆突然変異物質や発がん物質の作用機序の解明
☆労働者の健康被害対策
☆SDS作成
☆製品の品質管理
☆環境影響評価等のスクリーニング
☆医薬品不純物評価
【概要】
遺伝子に影響を与える変異原性物質を予測する試験。迅速、安価、かつ比較的容易に実施できます。
【試験施設の特徴】
GLP適合施設での試験も可能なので、医薬品も安心して試験できます。
製品特性に合わせて試験内容をご提案致します。
＊試験先は推進の場合開示させていただきます。
【試験対象品】
医薬品、医薬部外品、工業製品、化学物質...etc
【試験】
遺伝子に影響を与える変異原性物質を予測する試験
OECD471ガイドライン参照（細菌復帰突然変異試験）
【試験流れ】
（準備）
使用細菌：アミノ酸が存在しなければ生育できないサルモネラ菌と大腸菌
培地：数回の細胞分裂を起こさせるために、寒天培地とヒスチジンおよびビオチンまたはトリプトファンを含む軟寒天を用います。
代謝活性：細菌を適切な代謝活性化系存在下および非存在下の状態で被験物質に暴露させます。
被験物質：固体の場合、適切な溶媒に、溶解するか希釈します。液体の場合、試験系に直接添加するか、添加前に希釈します。
（試験条件）
溶剤／溶媒：被験物質と化学反応を起こす疑いがないものを用います。
暴露濃度：最終処理混合液中の細胞毒性と溶解性を考慮し、少なくとも5 つの異なる濃度を使用します。
対照：株特異性の陽性対照および陰性対照（溶剤または溶媒）を、代謝活性化系存在下および非存在下で同時に測定します。
（被験物質の添加）
プレート法とプレインキュベーション法の2種類があります。それぞれ各種ガイドラインで認められています。
*プレインキュベーション法では以下の化合物がより効率的に検出される可能性があります。
・短鎖脂肪族ニトロソアミン
・二価金属
・アルデヒド
・アゾ色素
・ジアゾ化合物
・ピロリジジンアルカロイド
・アリル化合物およびニトロ化合物
などの種類に属する化合物
1.プレート法
代謝活性化非存在下の測定では、0.05 mL または 0.1 mL 試験液、0.1mL の新鮮細菌培養と 0.5 mL の無菌緩衝液を 2.0 mL の軟寒天と混合します。
代謝活性化条件下の測定では、細菌および被験物質／被験溶液とともに、十分量のミクロソーム画分を含む 0.5 mL の代謝活性化混合物を軟寒天と混合します。
各試験管の内容物を混合し、最小寒天プレートの表面上に注ぎます。
2.プレインキュベーション法
被験物質／被験溶液は試験菌株とともに無菌緩衝液または代謝活性化系（0.5 mL）中で 20 分以上 30～37°C で通気しながらプレインキュベートし、その後軟寒天と混合し、最小寒天培地表面に注ぎます。0.05 または0.1 mL の被験物質／被験溶液、0.1mL の細菌および 0.5mL の S9-mix または無菌緩衝液を、2.0mL の軟寒天に混合します。
（培養・計測）一つの試験におけるプレートは全て 48～72 時間、37°C で培養します。培養後、プレートあたりの復帰コロニー数を計測します。
（結果・考察）被験物質と陽性および陰性（無添加および／または溶剤）対照について、個々のプレート上の復帰コロニー数、平板あたりの復帰コロニーの平均個数および標準偏差を示し、考察致します。
【試験前に検討・決定が必要な基本事項例】
・被験物質量、菌株数や試験により異なりますのでお問い合わせください。ご希望条件に合わせてご案内いたします。
【試験結果のご利用に関して】
HP、LP、営業資料等、広くお使いいただけます。
