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共用実験室にゲノム解析に必要なDNAシーケンサーを完備。DNAマイクロアレイの作成も可能なレンタルラボ。BSL2なのでヒトの臨床サンプルの解析やウイルスベクター(レンチウイルス、AAVなど)での遺伝子組み換え実験も実施できます。
・BSL2の細胞(HeLa、HEK293T、iPSなど)で遺伝子組み換えや遺伝子編集(ゲノム編集)ができます
・BSL2検体の取り扱いや実験のサポートも可能
・ウイルスベクターの構築から調製、導入までのDNAワークができます
・臨床検体を用いたゲノム解析やDNAマイクロアレイの作製も可能
・冷却超遠心機でのエクソソームの精製も可能
iPS細胞などの細胞または臨床検体などを用いたDNA解析/ゲノム解析の他、汎用的な分子生物学的な解析が可能です。
試薬調製/タンパク定量(BCAアッセイ)/質量分析/リアルタイムPCR/細胞増殖/セルベースアッセイ/アガロースゲル電気泳動/核酸抽出/RNA抽出/DNA抽出/核酸精製/エクソソーム精製/in vitro試験/DNAシーケンス解析/DNAマイクロアレイ解析/ライブラリー調製/遺伝子組み換え/遺伝子編集(CRISPR-Cas9)/ノックダウン実験(siRNA導入)/核酸導入/蛍光染色/免疫染色/他
糞便、唾液、皮膚などの生態由来検体中の生物群集を解析する手法。検体から直接抽出した混合DNAについて、プライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行う。
細菌の系統学的分類の指標として用いられる16SリボソームRNA遺伝子を利用し、メタゲノム解析を行うことで、細菌叢の構成を明らかにすることが出来る。
皮膚、糞便、唾液のサンプルから解析を行うことが可能である。
細菌叢の解析は、アレルギーなどの疾患との因果関係が指摘されていることから昨今、注目を集める分野の一つである。
PacBio社の機器を用いたシーケンスは、PCR増幅工程が不要で、幅広いゲノム領域で均一なシーケンス結果を得ることが可能。微生物などの新規ゲノム解析やコンティグ配列の整列などの解析に対応可能です。
【おすすめポイント】
PacBioシーケンスとは、圧倒的に長いリードを獲得できる手法です。
最大リード長40kb、平均リード長10kb以上のシーケンスを行うことができるため、細菌の完全長ゲノム配列の作成を可能です。
さらに、ショートリードのデータを組み合わせ完全長ゲノムの構築を目指す方法では解析が困難であったリピート配列、スプライシングバリアントの読み分けに特に有効な技術となります。
Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。
【PacBioシーケンスとは】
PacBio社のシーケンス技術はSMRT(single molecule real-time) sequenceという技術による次世代のシーケンス技術です。これは、長く断片化したnative DNAを鋳型としたDNA合成を、百万単位の小孔内で同時に行うことでデータを取得します。特徴として、長いリード長が得られること、一分子を読むことができること、サンガー法に比類する精度が得られること、GC含量に左右されず均一なカバレッジが得られること、エピジェネティクス情報を解析可能であることなどが挙げられます。
【適応範囲】
適用事例として以下のものがあげられます。
・全長cDNAシークエンシング
ロングリードが得られることを利用し、スプライシングバリアントの異なる発現遺伝子を一気にシークエンスすることで、より細かい遺伝子の分類・識別ができます。
・ロングアプリコンシーケンス
クローニングなしで行うサンガーシーケンスではシス/トランスのSNP情報が損なわれてしまいます。しかし、本手法ならばこの情報を損なうことなく一気に読み切ることができます。
【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。
