抗菌、抗カビ剤の試験菌発育を阻止する最小濃度を測定する試験です。液体培地、寒天培地のいずれかにおいて試験を行います。
薬剤濃度が2倍希釈系列となるように培地を作成し、試験菌を接種します。培養し、試験菌が生えなかった濃度のうち一番低い濃度をMICとして判定します。
以下は試験菌種の例となります。リストにない菌についてはお問合せください。
・細菌
◦Staphylococcus aureus（黄色ブドウ球菌）
◦Escherichia coli（大腸菌）、
◦Pseudomonas aeruginosa（緑膿菌）
◦klebsiella pneumoniae（肺炎桿菌）
・酵母
◦Candida albicans（カンジダ菌）
◦Rhodotorula rubra（赤色酵母）
・カビ
◦Aspergillus niger（クロコウジカビ）
◦Cladosporium cladosporioides（クロカビ）
◦Penicillium funiculosum（アオカビ）
◦Alternaria alternata（ススカビ）
糞便、唾液、皮膚などの生態由来検体中の生物群集を解析する手法。検体から直接抽出した混合DNAについて、プライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行う。
細菌の系統学的分類の指標として用いられる16SリボソームRNA遺伝子を利用し、メタゲノム解析を行うことで、細菌叢の構成を明らかにすることが出来る。
皮膚、糞便、唾液のサンプルから解析を行うことが可能である。
細菌叢の解析は、アレルギーなどの疾患との因果関係が指摘されていることから昨今、注目を集める分野の一つである。
従来のマイクロアレイ手法と比べ、次世代シーケンサはより高い解像度で転写産物の活動を定量することができます。これにより生物学的なプロセスに応じてわずかに変化する遺伝子発現を捉えることができます。
次世代シーケンサーを使用することで、細胞の機能に応じた転写や転写後の調節を反映しているmRNAなどの検出・定量が可能となる。
MinIONやGridIONを用いてリアルタイム、ロングリード、ダイレクトなDNAシークエンスを行えるだけでなく、PromethIONを用いればより大規模な解析が可能。
【おすすめポイント】
Oxford Nanoporeは、新世代のDNA・RNAシーケンシングテクノロジーを開発しました。ポケットスケールから通常スケールまでで、ネイティブなDNAまたはRNAを解析し、あらゆる長さのフラグメントをシーケンスして短尺から超長尺リードを達成できる、リアルタイム解析（迅速な洞察）を提供する唯一のシーケンス技術です。
Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。
【Nanoporeシーケンスとは】
Nanopore sequenceは、従来の次世代シーケンサーを超える「真の次世代シーケンサー」と呼べる技術です。データ取得までの時間は大幅に早くなり、機会は手のひらサイズに、そしてリード長は長くなりました。
Nanopore sequencerは核酸を一分子ずつ小さな穴(これをNanoporeと呼ぶ)に通し、塩基ごとに生じる微小な電流変化を元にその配列を解読する技術です。従来の次世代シーケンサーとはことなり、核酸を増幅・伸張することなく解読することができます。リード長には機器の性質上の限界は理論上存在せず、実際MimIONを用いた場合で、993kbpのリードが得られたことが報告されています。リードが少ない場合や、ゲノムが複雑でアセンブリが困難な場合などに特に力を発揮する技術です。
【シーケンス適応範囲】
Nanopore sequencerではDNAを対象とした全ゲノムライブラリー調整によって、de novoアセンブリー、フェージング解析、メチルか解析、構造変異解析などを行うことができます。さらに、RNAを対象とした場合には、完全長のRNA配列を得られることから、発現量解析によるRNA-seqだけでなく、スプライシングバイリアント解析や、融合遺伝子解析などを行うことも可能です。また、RNAをcDNAに変換することなくdirect RNA-seqを行うことも可能です。
【Oxford Nanopore MinION】
最も軽量でコンパクトなシーケンサー。大きさは手のひらサイズで持ち運びが可能である。得られたリードはリアルタイムで解析をすることができる。
【Oxford Nanopore GridION】
MinIONと同様のセルを最大で5セル搭載した並列型のシーケンサー。1セルあたりのスループットは約5~20Gb。
【Oxford Nanopore PromethION】
PromethION専用のセルを最大で48セル搭載し、ハイスループットな実験を可能にしたシーケンサー。1セルあたりのスループットは30~120Gb。最大1Mbまでの超ロングリードが可能（サンプルの品質に依存する）。サンプル量は10pg~1µg程度で解析可能。
【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。
全自動DNA断片抽出装置BluePippinを用いて、ご希望のサイズのDNAを抽出します。 物理的に独立したレーンで泳動を行うため、コンタミネーションを避けられます。各レーン毎に抽出方法とサイズが個別に設定できる。目的分画サンプルを精度高く回収でき、再現性の高い自動抽出を可能にします。煩雑な...
超音波により核酸を断片化します。それに加えて、培養細胞、酵母などを破砕し、タンパク質の抽出などにも利用できます。 本機器では500kHz程の超音波を一極に集中させることで、再現性の高い超音波処理を実現します。これによって抽出・解析試料の変性や失活等の原因となる温度上昇を抑えながら作業を行...
岡山県
超音波により核酸を断片化します。それに加えて、培養細胞、酵母などを破砕し、タンパク質の抽出などにも利用できます。 本機器では500kHz程の超音波を一極に集中させることで、再現性の高い超音波処理を実現します。これによって抽出・解析試料の変性や失活等の原因となる温度上昇を抑えながら作業を行...
