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検索結果:すべてのカテゴリ「シーケンス」(16件)

    • 実験委託

    全ゲノムシーケンス(HiSeq)

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    全ゲノムシーケンスは1度のアッセイで検体ゲノムの構造を解析し、あらゆる変異を検出します。検体がヒトならばがんなど様々な病気、そして人類の進化やゲノム薬理学の研究に適用されます。

    ランダムに切断された数千万–数億のDNA断片の塩基配列を同時並行的に決定することができる。
    これらのデータを統合することで、1度のアッセイで100Gbpを越える配列を高い精度で決定することが出来、ゲノムの大きい生物の全ゲノムのシーケンスを可能としている。

    • 実験委託

    微生物アンプリコンシーケンス

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    糞便、唾液、皮膚などの生態由来検体中の生物群集を解析する手法。検体から直接抽出した混合DNAについて、プライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行う。

    細菌の系統学的分類の指標として用いられる16SリボソームRNA遺伝子を利用し、メタゲノム解析を行うことで、細菌叢の構成を明らかにすることが出来る。
    皮膚、糞便、唾液のサンプルから解析を行うことが可能である。
    細菌叢の解析は、アレルギーなどの疾患との因果関係が指摘されていることから昨今、注目を集める分野の一つである。

    • 実験委託

    PacBioシーケンス

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    PacBio社の機器を用いたシーケンスは、PCR増幅工程が不要で、幅広いゲノム領域で均一なシーケンス結果を得ることが可能。微生物などの新規ゲノム解析やコンティグ配列の整列などの解析に対応可能です。

    【おすすめポイント】
    PacBioシーケンスとは、圧倒的に長いリードを獲得できる手法です。
    最大リード長40kb、平均リード長10kb以上のシーケンスを行うことができるため、細菌の完全長ゲノム配列の作成を可能です。
    さらに、ショートリードのデータを組み合わせ完全長ゲノムの構築を目指す方法では解析が困難であったリピート配列、スプライシングバリアントの読み分けに特に有効な技術となります。

    Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。

    【PacBioシーケンスとは】
    PacBio社のシーケンス技術はSMRT(single molecule real-time) sequenceという技術による次世代のシーケンス技術です。これは、長く断片化したnative DNAを鋳型としたDNA合成を、百万単位の小孔内で同時に行うことでデータを取得します。特徴として、長いリード長が得られること、一分子を読むことができること、サンガー法に比類する精度が得られること、GC含量に左右されず均一なカバレッジが得られること、エピジェネティクス情報を解析可能であることなどが挙げられます。

    【適応範囲】
    適用事例として以下のものがあげられます。

    ・全長cDNAシークエンシング
    ロングリードが得られることを利用し、スプライシングバリアントの異なる発現遺伝子を一気にシークエンスすることで、より細かい遺伝子の分類・識別ができます。

    ・ロングアプリコンシーケンス
    クローニングなしで行うサンガーシーケンスではシス/トランスのSNP情報が損なわれてしまいます。しかし、本手法ならばこの情報を損なうことなく一気に読み切ることができます。

    【納期目安】
    サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。

    • 実験委託

    Nanoporeシーケンス

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    MinIONやGridIONを用いてリアルタイム、ロングリード、ダイレクトなDNAシークエンスを行えるだけでなく、PromethIONを用いればより大規模な解析が可能。

    【おすすめポイント】
    Oxford Nanoporeは、新世代のDNA・RNAシーケンシングテクノロジーを開発しました。ポケットスケールから通常スケールまでで、ネイティブなDNAまたはRNAを解析し、あらゆる長さのフラグメントをシーケンスして短尺から超長尺リードを達成できる、リアルタイム解析(迅速な洞察)を提供する唯一のシーケンス技術です。

    Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。

    【Nanoporeシーケンスとは】
    Nanopore sequenceは、従来の次世代シーケンサーを超える「真の次世代シーケンサー」と呼べる技術です。データ取得までの時間は大幅に早くなり、機会は手のひらサイズに、そしてリード長は長くなりました。

    Nanopore sequencerは核酸を一分子ずつ小さな穴(これをNanoporeと呼ぶ)に通し、塩基ごとに生じる微小な電流変化を元にその配列を解読する技術です。従来の次世代シーケンサーとはことなり、核酸を増幅・伸張することなく解読することができます。リード長には機器の性質上の限界は理論上存在せず、実際MimIONを用いた場合で、993kbpのリードが得られたことが報告されています。リードが少ない場合や、ゲノムが複雑でアセンブリが困難な場合などに特に力を発揮する技術です。

    【シーケンス適応範囲】
    Nanopore sequencerではDNAを対象とした全ゲノムライブラリー調整によって、de novoアセンブリー、フェージング解析、メチルか解析、構造変異解析などを行うことができます。さらに、RNAを対象とした場合には、完全長のRNA配列を得られることから、発現量解析によるRNA-seqだけでなく、スプライシングバイリアント解析や、融合遺伝子解析などを行うことも可能です。また、RNAをcDNAに変換することなくdirect RNA-seqを行うことも可能です。

    【Oxford Nanopore MinION】
    最も軽量でコンパクトなシーケンサー。大きさは手のひらサイズで持ち運びが可能である。得られたリードはリアルタイムで解析をすることができる。

    【Oxford Nanopore GridION】
    MinIONと同様のセルを最大で5セル搭載した並列型のシーケンサー。1セルあたりのスループットは約5~20Gb。

    【Oxford Nanopore PromethION】
    PromethION専用のセルを最大で48セル搭載し、ハイスループットな実験を可能にしたシーケンサー。1セルあたりのスループットは30~120Gb。最大1Mbまでの超ロングリードが可能(サンプルの品質に依存する)。サンプル量は10pg~1µg程度で解析可能。

    【納期目安】
    サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。

    • 実験委託

    (次世代シーケンサー)半導体マイクロチップでシーケンス反応と検出【lon PROTON-410】

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    半導体マイクロチップでシーケンス反応と検出を行います。ヒトゲノム、ヒトエクソーム、ホールトランスプリプトーム、RNA-SEQ、ChIP-SEQに対応可能です。

    可能な実験例

    ヒトスケールゲノムシーケンス
    エクソームシーケンス
    トランスクリプトームシーケンス
    コピー数解析
    ChIPシーケンシング
    ターゲットRNAシーケンス

    • 実験委託

    (次世代シーケンサー)半導体マイクロチップでシーケンス反応と検出

    Thumb b35a24b0 ed47 4922 8eff da9e0a1a20e6

    半導体マイクロチップでシーケンス反応と検出を行います。ホールゲノム、アンプリコンシーケンス / ターゲットリシーケンス、RNA-SEQ / ChIP-SEQ に対応可能です。

    • Ic pin 埼玉県
    • レンタルラボ

    【埼玉】衛生検査所併設。培養機器・NGS完備のレンタルラボ

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    食品系の微生物検査を行う衛生検査所に併設のレンタル実験室。2フロアで合計5室の広くて衛生環境の整った施設でDNAシーケンス解析などの実験と検査が可能。お持ちの機器の持ち込みも可能なので、ご要望に応じた実験ができます。

    ・衛生環境が整っている
    ・2フロア合計5室の広い施設
    ・機器の持ち込みが可能
    ・RNAやDNAの解析機器が充実

    用途例

    メッセンジャーレベルでの遺伝子発現量の解析
    臨床検体網羅的遺伝子発現量の解析
    ・マイクロバイオームの評価
    ・化合物や開発品の効果/薬効の解析や作用メカニズム/薬理の解析

    • Ic pin 東京都
    • レンタルラボ

    【東京】DNA解析のレンタルラボ。臨床検体が可能。BSL2

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    共用実験室にゲノム解析に必要なDNAシーケンサーを完備。DNAマイクロアレイの作成も可能なレンタルラボ。BSL2なのでヒトの臨床サンプルの解析やウイルスベクター(レンチウイルス、AAVなど)での遺伝子組み換え実験も実施できます。

    ・BSL2の細胞(HeLa、HEK293T、iPSなど)で遺伝子組み換えや遺伝子編集(ゲノム編集)ができます
    ・BSL2検体の取り扱いや実験のサポートも可能
    ・ウイルスベクターの構築から調製、導入までのDNAワークができます
    ・臨床検体を用いたゲノム解析やDNAマイクロアレイの作製も可能
    ・冷却超遠心機でのエクソソームの精製も可能

    • 実験委託

    論文作成支援

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    コラボメーカー提携先の次世代シーケンスを得意とする国立大学様の協力を得た、最新論文における解析手法の再現・バイオインフォマティクス支援等を受けることが出来る。

    コラボメーカー提携先の次世代シーケンスを得意とする国立大学様の協力を得て、最新論文における解析手法の再現や バイオインフォマティクス支援などが可能です。

    • 実験委託

    BluePippinによるDNA断片の抽出

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    全自動DNA断片抽出装置BluePippinを用いて、ご希望のサイズのDNAを抽出します。 物理的に独立したレーンで泳動を行うため、コンタミネーションを避けられます。各レーン毎に抽出方法とサイズが個別に設定できる。目的分画サンプルを精度高く回収でき、再現性の高い自動抽出を可能にします。煩雑な...

    可能な実験例

    ・ペアエンドシーケンスライブラリー作製
    ・ChIP-Seqライブラリー作製
    miRNA-Seqライブラリー作製
    ・メイトペアシーケンスライブラリー作製

    用途例

    NGSライブラリ作製におけるサイズセレクション
    高分子gDNAの選別