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走査プローブ顕微鏡(SPM、AFM)は、先端の尖った探針を用いて、物質の表面をなぞるように動かして表面の微細な形状や性質を観察できる顕微鏡の一種です。光学顕微鏡や電子顕微鏡と異なり、ビームやレンズを使用しませんが、一定の条件と試料に対して原子・分子レベルの分解能を持ち、透過型電子顕微鏡に並ぶ拡大能力を持ちます。

表面形状測定、表面物性測定

・遺伝子解析
・発現量解析
・質量分析

・がん研究
・単一細胞のダイセクション
・プロテオーム解析

★　異物の表面観察・元素マッピング解析
★　不良製品の表明形状確認　（金属粉の形態観察と材質の判別など）

​培養観察や胚発生時の動きの観察、幹細胞の挙動観察、細胞増殖やコンフルエンス、細胞移動、創傷治癒、細胞死の分析、幹細胞の挙動観察、培養観察、スフェロイド観察、生体内調査、トランフェクション効率の決定、下等真核生物の観察、タンパク質発現のトラッキング、定量化などの観察用途

・第2のラボとして！
・研究プロジェクトを始める前の予備実験などに！
・自社で行えないサイドプロジェクトを行う場としての使用

例）ラット大脳皮質初代細胞のを3次元培養したスフェロイド（細胞凝集体）を観察。更に3D-SIM超解像度イメージングシステムによる解析結果と合わせることにより、スフェロイドの実際の3次元構造を確認。

・薬物動態解析など
例）リン脂質の分布を観察 - ヒト乳がん組織において、フォスファチジルコリン（PC）(32:1)がガン部（赤）に、PC(36:0)が非ガン部（黄）に豊富であることを見出。
例）マトリクスとして銀ナノ粒子を用いることで、断片化した脂肪酸（様々な脂質分子から分離した脂肪酸+遊離脂肪酸の総量）の分布を可視化。

試料の表面形状、高さ・粗さの測定

・鉱物、材料、半導体など

・鉱物、材料、半導体、生体など
例）安定同位体標識した培養細胞の観察 - 18O同位体で標識したRNAが、培養した細胞内に取り込まれた様子を同位体比イメージング。