全ゲノムシーケンスは1度のアッセイで検体ゲノムの構造を解析し、あらゆる変異を検出します。検体がヒトならばがんなど様々な病気、そして人類の進化やゲノム薬理学の研究に適用されます。
ランダムに切断された数千万–数億のDNA断片の塩基配列を同時並行的に決定することができる。
これらのデータを統合することで、１度のアッセイで100Gbpを越える配列を高い精度で決定することが出来、ゲノムの大きい生物の全ゲノムのシーケンスを可能としている。
埼玉県
食品系の微生物検査を行う衛生検査所に併設のレンタル実験室。2フロアで合計5室の広くて衛生環境の整った施設でDNAシーケンス解析などの実験と検査が可能。お持ちの機器の持ち込みも可能なので、ご要望に応じた実験ができます。
・衛生環境が整っている
・2フロア合計5室の広い施設
・機器の持ち込みが可能
・RNAやDNAの解析機器が充実
高精度電子ピペット（ザルトリウス製）、独自制御『LabCraft』、3Dプリント製カスタムパーツを組合せ、標準装置では困難なピペッティング作業（特殊容器・液体、微量操作、既存装置連携等）をオーダーメイドで自動化します。
大阪府
次世代シーケンサーが利用でき、アクセス抜群のバイオラボです。DNAシーケンス解析などの実験と検査が可能。お持ちの機器の持ち込みも可能なので、ご要望に応じた実験ができます。
in vitro培養細胞を用いた多様な病原体の感染実験や、非自立増殖型組換えウイルス・レプリコンシステムを活用した抗ウイルス効果の検証を行います。
in vitro培養細胞を用いた多様な病原体の感染実験を実施できる体制を整えております。
BSL3およびBSL2レベルの自立増殖型生ウイルス、ならびに非自立増殖型組換えウイルスを取り扱い、さらに高感度レポーターレプリコンシステムを活用したウイルスゲノム複製の評価も可能です。
また、化合物や天然抽出物中の物質が病原体の増殖を抑制する効果の検証も実施可能です。
■多様な病原体に対応
ヒトパルボウイルス（B19 Human Parvovirus B19）や新型コロナウイルスを含むBSL3/BSL2ウイルスや非自立増殖型組換えウイルスの使用が可能です。
■ 最新技術による評価
高感度レポーターレプリコンシステムにより、ウイルス複製の詳細な解析が可能です。
■ 柔軟な対応
必要に応じて新規病原体の調達や実験内容のカスタマイズが可能です。
■ 幅広い研究ニーズに対応
化合物や天然抽出物の抗ウイルス効果検証に対応しています。
■ 安心の安全管理
高度なバイオセーフティ基準に基づいた実験環境があります。
【可能なウイルス例】
下記以外の新たな病原体の入手・解析も柔軟に対応いたします。
まずは是非ご相談ください。
◆BSL3で扱うウイルス(自立増殖型生ウイルス)
・新型コロナウイルスSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
◆BSL2で扱うウイルス(自立増殖型生ウイルス)
・ヒトコロナウイルス OC43株 Human Coronavirus OC43 strain
・A型インフルエンザウイルスPR8株 Influenza virus H1N1 PR8 strain
・デングウイルス 2型 NGC株 Dengue Virus NGC strain
・日本脳炎ウイルス AT31株 Japanese Encephalitis Virus AT31 strain
・エンテロウイルス 71 C7/Osaka 株 Enterovirus 71 C7/Osaka
・コクサッキーウイルスB3 Nancy株 Coxsackievirus B3 Nancy strain
・ヒトアデノウイルス5型 Human Adenovirus type 5
・麻疹ウイルス Measles Virus Edmonston strain
・ヒトパルボウイルスB19 Human Parvovirus B19
・単純ヘルペスウイルスI型 Herpes Simplex Virus type I
◆非自立増殖型組換えウイルス
・ヒト免疫不全ウイルス NL43株 Human Immunodeficiency Virus type I
◆高感度レポーターレプリコンシステム（細胞内ウイルスゲノム複製評価システム）
・日本脳炎ウイルス
・デングウイルス 2型
・エンテロウイルス 71
・コクサッキーウイルスB3
・シンドビスウイルス
東京都
共用実験室にゲノム解析に必要なDNAシーケンサーを完備。DNAマイクロアレイの作成も可能なレンタルラボ。BSL2なのでヒトの臨床サンプルの解析やウイルスベクター(レンチウイルス、AAVなど)での遺伝子組み換え実験も実施できます。
・BSL2の細胞(HeLa、HEK293T、iPSなど)で遺伝子組み換えや遺伝子編集(ゲノム編集)ができます
・BSL2検体の取り扱いや実験のサポートも可能
・ウイルスベクターの構築から調製、導入までのDNAワークができます
・臨床検体を用いたゲノム解析やDNAマイクロアレイの作製も可能
・冷却超遠心機でのエクソソームの精製も可能
iPS細胞などの細胞または臨床検体などを用いたDNA解析/ゲノム解析の他、汎用的な分子生物学的な解析が可能です。
試薬調製/タンパク定量(BCAアッセイ)/質量分析/リアルタイムPCR/細胞増殖/セルベースアッセイ/アガロースゲル電気泳動/核酸抽出/RNA抽出/DNA抽出/核酸精製/エクソソーム精製/in vitro試験/DNAシーケンス解析/DNAマイクロアレイ解析/ライブラリー調製/遺伝子組み換え/遺伝子編集(CRISPR-Cas9)/ノックダウン実験(siRNA導入)/核酸導入/蛍光染色/免疫染色/他
糞便、唾液、皮膚などの生態由来検体中の生物群集を解析する手法。検体から直接抽出した混合DNAについて、プライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行う。
細菌の系統学的分類の指標として用いられる16SリボソームRNA遺伝子を利用し、メタゲノム解析を行うことで、細菌叢の構成を明らかにすることが出来る。
皮膚、糞便、唾液のサンプルから解析を行うことが可能である。
細菌叢の解析は、アレルギーなどの疾患との因果関係が指摘されていることから昨今、注目を集める分野の一つである。
PacBio社の機器を用いたシーケンスは、PCR増幅工程が不要で、幅広いゲノム領域で均一なシーケンス結果を得ることが可能。微生物などの新規ゲノム解析やコンティグ配列の整列などの解析に対応可能です。
【おすすめポイント】
PacBioシーケンスとは、圧倒的に長いリードを獲得できる手法です。
最大リード長40kb、平均リード長10kb以上のシーケンスを行うことができるため、細菌の完全長ゲノム配列の作成を可能です。
さらに、ショートリードのデータを組み合わせ完全長ゲノムの構築を目指す方法では解析が困難であったリピート配列、スプライシングバリアントの読み分けに特に有効な技術となります。
Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。
【PacBioシーケンスとは】
PacBio社のシーケンス技術はSMRT(single molecule real-time) sequenceという技術による次世代のシーケンス技術です。これは、長く断片化したnative DNAを鋳型としたDNA合成を、百万単位の小孔内で同時に行うことでデータを取得します。特徴として、長いリード長が得られること、一分子を読むことができること、サンガー法に比類する精度が得られること、GC含量に左右されず均一なカバレッジが得られること、エピジェネティクス情報を解析可能であることなどが挙げられます。
【適応範囲】
適用事例として以下のものがあげられます。
・全長cDNAシークエンシング
ロングリードが得られることを利用し、スプライシングバリアントの異なる発現遺伝子を一気にシークエンスすることで、より細かい遺伝子の分類・識別ができます。
・ロングアプリコンシーケンス
クローニングなしで行うサンガーシーケンスではシス/トランスのSNP情報が損なわれてしまいます。しかし、本手法ならばこの情報を損なうことなく一気に読み切ることができます。
【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。
MinIONやGridIONを用いてリアルタイム、ロングリード、ダイレクトなDNAシークエンスを行えるだけでなく、PromethIONを用いればより大規模な解析が可能。
【おすすめポイント】
Oxford Nanoporeは、新世代のDNA・RNAシーケンシングテクノロジーを開発しました。ポケットスケールから通常スケールまでで、ネイティブなDNAまたはRNAを解析し、あらゆる長さのフラグメントをシーケンスして短尺から超長尺リードを達成できる、リアルタイム解析（迅速な洞察）を提供する唯一のシーケンス技術です。
Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。
【Nanoporeシーケンスとは】
Nanopore sequenceは、従来の次世代シーケンサーを超える「真の次世代シーケンサー」と呼べる技術です。データ取得までの時間は大幅に早くなり、機会は手のひらサイズに、そしてリード長は長くなりました。
Nanopore sequencerは核酸を一分子ずつ小さな穴(これをNanoporeと呼ぶ)に通し、塩基ごとに生じる微小な電流変化を元にその配列を解読する技術です。従来の次世代シーケンサーとはことなり、核酸を増幅・伸張することなく解読することができます。リード長には機器の性質上の限界は理論上存在せず、実際MimIONを用いた場合で、993kbpのリードが得られたことが報告されています。リードが少ない場合や、ゲノムが複雑でアセンブリが困難な場合などに特に力を発揮する技術です。
【シーケンス適応範囲】
Nanopore sequencerではDNAを対象とした全ゲノムライブラリー調整によって、de novoアセンブリー、フェージング解析、メチルか解析、構造変異解析などを行うことができます。さらに、RNAを対象とした場合には、完全長のRNA配列を得られることから、発現量解析によるRNA-seqだけでなく、スプライシングバイリアント解析や、融合遺伝子解析などを行うことも可能です。また、RNAをcDNAに変換することなくdirect RNA-seqを行うことも可能です。
【Oxford Nanopore MinION】
最も軽量でコンパクトなシーケンサー。大きさは手のひらサイズで持ち運びが可能である。得られたリードはリアルタイムで解析をすることができる。
【Oxford Nanopore GridION】
MinIONと同様のセルを最大で5セル搭載した並列型のシーケンサー。1セルあたりのスループットは約5~20Gb。
【Oxford Nanopore PromethION】
PromethION専用のセルを最大で48セル搭載し、ハイスループットな実験を可能にしたシーケンサー。1セルあたりのスループットは30~120Gb。最大1Mbまでの超ロングリードが可能（サンプルの品質に依存する）。サンプル量は10pg~1µg程度で解析可能。
【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。
