PacBio社の機器を用いたシーケンスは、PCR増幅工程が不要で、幅広いゲノム領域で均一なシーケンス結果を得ることが可能。微生物などの新規ゲノム解析やコンティグ配列の整列などの解析に対応可能です。
【おすすめポイント】
PacBioシーケンスとは、圧倒的に長いリードを獲得できる手法です。
最大リード長40kb、平均リード長10kb以上のシーケンスを行うことができるため、細菌の完全長ゲノム配列の作成を可能です。
さらに、ショートリードのデータを組み合わせ完全長ゲノムの構築を目指す方法では解析が困難であったリピート配列、スプライシングバリアントの読み分けに特に有効な技術となります。
Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。
【PacBioシーケンスとは】
PacBio社のシーケンス技術はSMRT(single molecule real-time) sequenceという技術による次世代のシーケンス技術です。これは、長く断片化したnative DNAを鋳型としたDNA合成を、百万単位の小孔内で同時に行うことでデータを取得します。特徴として、長いリード長が得られること、一分子を読むことができること、サンガー法に比類する精度が得られること、GC含量に左右されず均一なカバレッジが得られること、エピジェネティクス情報を解析可能であることなどが挙げられます。
【適応範囲】
適用事例として以下のものがあげられます。
・全長cDNAシークエンシング
ロングリードが得られることを利用し、スプライシングバリアントの異なる発現遺伝子を一気にシークエンスすることで、より細かい遺伝子の分類・識別ができます。
・ロングアプリコンシーケンス
クローニングなしで行うサンガーシーケンスではシス/トランスのSNP情報が損なわれてしまいます。しかし、本手法ならばこの情報を損なうことなく一気に読み切ることができます。
【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。
MinIONやGridIONを用いてリアルタイム、ロングリード、ダイレクトなDNAシークエンスを行えるだけでなく、PromethIONを用いればより大規模な解析が可能。
【おすすめポイント】
Oxford Nanoporeは、新世代のDNA・RNAシーケンシングテクノロジーを開発しました。ポケットスケールから通常スケールまでで、ネイティブなDNAまたはRNAを解析し、あらゆる長さのフラグメントをシーケンスして短尺から超長尺リードを達成できる、リアルタイム解析（迅速な洞察）を提供する唯一のシーケンス技術です。
Co-LABO MAKERは複数の大学・企業と連携し、お客様のニーズに寄り添ったオーダーメイドの解析を実現しています。
【Nanoporeシーケンスとは】
Nanopore sequenceは、従来の次世代シーケンサーを超える「真の次世代シーケンサー」と呼べる技術です。データ取得までの時間は大幅に早くなり、機会は手のひらサイズに、そしてリード長は長くなりました。
Nanopore sequencerは核酸を一分子ずつ小さな穴(これをNanoporeと呼ぶ)に通し、塩基ごとに生じる微小な電流変化を元にその配列を解読する技術です。従来の次世代シーケンサーとはことなり、核酸を増幅・伸張することなく解読することができます。リード長には機器の性質上の限界は理論上存在せず、実際MimIONを用いた場合で、993kbpのリードが得られたことが報告されています。リードが少ない場合や、ゲノムが複雑でアセンブリが困難な場合などに特に力を発揮する技術です。
【シーケンス適応範囲】
Nanopore sequencerではDNAを対象とした全ゲノムライブラリー調整によって、de novoアセンブリー、フェージング解析、メチルか解析、構造変異解析などを行うことができます。さらに、RNAを対象とした場合には、完全長のRNA配列を得られることから、発現量解析によるRNA-seqだけでなく、スプライシングバイリアント解析や、融合遺伝子解析などを行うことも可能です。また、RNAをcDNAに変換することなくdirect RNA-seqを行うことも可能です。
【Oxford Nanopore MinION】
最も軽量でコンパクトなシーケンサー。大きさは手のひらサイズで持ち運びが可能である。得られたリードはリアルタイムで解析をすることができる。
【Oxford Nanopore GridION】
MinIONと同様のセルを最大で5セル搭載した並列型のシーケンサー。1セルあたりのスループットは約5~20Gb。
【Oxford Nanopore PromethION】
PromethION専用のセルを最大で48セル搭載し、ハイスループットな実験を可能にしたシーケンサー。1セルあたりのスループットは30~120Gb。最大1Mbまでの超ロングリードが可能（サンプルの品質に依存する）。サンプル量は10pg~1µg程度で解析可能。
【納期目安】
サンプルの量やデータ量などによって異なりますので、まずはお問合せください。
表皮細胞の細胞加工受託
CPC施設を利用して、高い品質と再現性をもって表皮細胞を培養・加工いたします。1年以上連続培養も可能です。
【提供試験のポイント】
無血清培地使用、多様な細胞種類の提供、ヒトへの投与など、
ご希望に合わせた試験内容をご提案致します。
独自のネットワークにより、基礎研究だけでなく大学やクリニックと連携した臨床試験を実現します。
様々な細胞腫(気道上皮細胞、細気管支の生検から分離されたヒト初代培養気道上皮細胞、肺胞由来のヒト肺胞上皮細胞、肺線維芽細胞）の製造、加工を受託いたします。
癌モデルや老化モデルも対応可能です。
【可能な試験例など】
・ノックダウン細胞や遺伝子編集細胞の樹立
・ヒト表皮角化細胞を用いた分化促進試験
・ヒト皮膚線維芽細胞を用いたMMP-1産生抑制試験
・皮膚モデルを用いた皮膚刺激性試験（TG439)にて、被験物質が皮膚に刺激があるかを評価
・ヒト皮膚線維芽細胞を用いて、既知薬剤存在下で被験物質のオートファジー促進作用を評価
・三次元培養皮膚モデルの使用
・イオンチャネルに対する薬物機能試験
・炎症誘発性・抗炎症性試験
・粘液分泌試験
・ウイルス感染試験
・ドラッグデリバリー試験
・バイオマーカー探索
・急性及び慢性毒性試験
・Cytokines, chemokines, metalloproteinases リリース
・フローサイトメーターによる解析・ソーティング
※「再生医療等安全性確保法」にて規定される各種申請業務についてのサポートもさせて頂きます。
薬効薬理試験
☆コラボメーカーを通すメリット☆
・製品開発に伴う外注業務をまるっとサポート
・抗菌・抗ウイルス試験・安全性試験・有効性試験などもまとめて受託可能
【用途例】
ヒト向けの
☆新薬開発
☆健康食品・サプリメントの開発
☆機能性食品の開発
における効果検証におすすめです。
※イヌやネコ等のペットについても相談可能です。
【概要】
薬・サプリの効果検証が可能
【試験施設の特徴】
☆GLP適合施設での試験も可能なので、医薬品も安心して試験できます。
☆多様なモデル動物の種類をご用意
☆ご希望のモデル動物の作製もご相談可能
☆抗菌・抗ウイルス試験の実績もあるため、in vitro→in vivoの一貫した実験も対応可能
・モデル例紹介・
疾患モデル動物を用いたin vivo試験
疾患モデル例 がん、肥満、糖尿病、高血圧、高脂血症、心筋梗塞、脳梗塞、緑内障、網膜、角膜疾患...etc
試験可能動物種
マウス、ラット ｜ ウサギ ｜ 魚 ｜ プランクトンなどの微生物、昆虫類 ｜ 犬 ｜ 鶏 （卵用種、肉用種） ｜ 牛 （乳牛・肉牛可） ｜ 豚、山羊
薬効薬理試験
【提供試験のポイント】
無血清培地使用、多様な細胞種類の提供、ヒトへの投与など、ご希望に合わせた試験内容をご提案致します。
独自のネットワークにより、基礎研究だけでなく大学やクリニックと連携した臨床試験を実現します。
創薬開発において、ターゲットバリデーション、リード化合物の最適化から安全性試験に至るさまざまな試験が必要とされています。生化学・分子生物学的な解析をはじめさまざまな疾患領域におけるin vivo及びin vitro薬効薬理試験などの試験全般を実施しています。
また、薬物動態試験や病理組織学的検査も実施可能です。
【可能な試験例など】
・細胞増殖抑制/促進作用の評価
・受容体発現細胞を用いたファンクショナルアッセイ
（細胞内cAMP／cGMP／Ca2+アッセイ等、アッセイ系の開発と被験物質の評価）
・受容体発現細胞・膜画分を用いたRI標識リガンド結合アッセイ、アッセイ系の開発と被験物質の評価
・RANKL誘導破骨細胞（分化アッセイ）
・フローサイトメトリーによる各種細胞アッセイ
・肝細胞株及びヒト初代肝細胞を用いた各種アッセイ
全自動DNA断片抽出装置BluePippinを用いて、ご希望のサイズのDNAを抽出します。 物理的に独立したレーンで泳動を行うため、コンタミネーションを避けられます。各レーン毎に抽出方法とサイズが個別に設定できる。目的分画サンプルを精度高く回収でき、再現性の高い自動抽出を可能にします。煩雑な...
超音波により核酸を断片化します。それに加えて、培養細胞、酵母などを破砕し、タンパク質の抽出などにも利用できます。 本機器では500kHz程の超音波を一極に集中させることで、再現性の高い超音波処理を実現します。これによって抽出・解析試料の変性や失活等の原因となる温度上昇を抑えながら作業を行...
岡山県
超音波により核酸を断片化します。それに加えて、培養細胞、酵母などを破砕し、タンパク質の抽出などにも利用できます。 本機器では500kHz程の超音波を一極に集中させることで、再現性の高い超音波処理を実現します。これによって抽出・解析試料の変性や失活等の原因となる温度上昇を抑えながら作業を行...
岡山県
次世代シークエンサーから出力される膨大なデータの解析に対応した統合配列解析ソフトウェアです。 最先端の解析アルゴリズムと高速なゲノムアセンブル・マッピングツール、豊富なグラフィカル機能や多彩な出力オプションを搭載し、ユーザーフレンドリーかつ直感的なインターフェイスで稼働します。
